日割り計算については、freee上では自動計算ができませんので、
給与明細で直接編集するやり方がよいかと思います。

日割り計算の額は、お客様の会社の就業規則（賃金規定等）に定めがある場合はその定める方法で計算をし、
もし、定めがない場合は一般的には以下となります。
御社の就業規則や、雇用契約書に定めがない場合には、

「月給（手当も含む）÷所定労働日数×出勤日」になります。

上記で算出された金額を給与明細で直接編集をします。

●方法：給与明細タブ→明細編集→直接編集→月給の金額を算出した金額で入力→下の雇用保険料の再計算ボタンを押す→所得税の再計算ボタンを押す→保存

就業規則は10人以上であれば届け出が必須ですが、10人未満でも就業規則があると判断に迷うことがないので、作成することをお勧めします。